1995 erhielt die Bergschule ihre staatliche Anerkennung als katholisches Gymnasium. Im gleichen Jahr wurde ein Neubau samt einer Sporthalle eingeweiht. Als Schulträger fungierte die „Gesellschaft für christliche Schulen mbH“, deren Gesellschafter das heutige Bistum Erfurt, die Heiligenstädter Schulschwestern sowie der Gesamtverband der katholischen Kirchengemeinden in Heiligenstadt waren. Seit 2019 ist das Bistum Erfurt alleiniger Träger der Schule, deren Gebäude aber im Besitz der Schulschwestern blieben.
Das katholische Gymnasium entwickelte sich schnell zu einer festen Größe in der Schullandschaft des Eichsfeldes und zählt mit aktuell rund 600 Schülerinnen und Schülern und über 60 Lehrkräften zu den größeren Gymnasien in Thüringen. Sein Einzugsbereich geht weit über die Stadtgrenzen hinaus. Eltern und Schüler schätzen das Profil einer katholischen Schule, deren Bildungs- und Erziehungsmaßstäbe sich am christlichen Menschenbild und den daraus resultierenden Werten orientieren. Die Schule steht selbstverständlich allen offen, unabhängig von Konfession und Weltanschauung.
Seit Ende 2019 gibt es im Bistum Erfurt Pläne, die Bergschule weiterzuentwickeln und um eine Regelschule zu erweitern. Dieses Projekt soll jetzt in der Stadt Leinefelde-Worbis realisiert werden, da sich in Heilbad Heiligenstadt kein passender Bauplatz für einen Neubau gefunden hat. An dem dann entstehenden Katholischen Schulzentrum St. Elisabeth Leinefelde-Worbis, das spätestens zum Schuljahr 2027/28 öffnen soll, können im Vollbetrieb rund 1.000 Schülerinnen und Schüler von 100 Lehrkräften unterrichtet werden.